Markerne tilføres kvælstofholdig gødning for at afgrøderne kan vokse og give et godt udbytte. Hvis markerne tilføres mere kvælstof, end der fjernes, vil der være kvælstof i overskud. Markbalancen beskriver forskellen mellem hvor meget kvælstof, marken bliver tilført, og hvor meget kvælstof, der fjernes, når afgrøderne høstes. Markbalancen siges at være positiv, når der tilføres mere kvælstof end der fjernes.

Kvælstofoverskuddet kan potentielt tabes til miljøet, fx som ammoniak eller lattergas til atmosfæren eller som nitrat, der udvaskes fra rodzonen og udledes til vandmiljøet. I vandmiljøet kan nitrat forurene grundvandet eller ende i fx søer og fjorde, hvor det kan føre til øget algeproduktion og iltsvind. 

Udvaskningen af kvælstof fra markjorden lige under planternes rødder, måles i fem udvalgte små områder i forskellige dele af landet i den såkaldte Landovervågning (LOOP). På en større skala kan udvaskningen også beregnes ud fra oplysninger om nedbør, jordbundsforhold, kvælstoffiksering, afgrødesammensætning og de mængder af kvælstofgødning, som markerne er blevet tilført – med andre ord, om markbalancen er positiv.

Det er dog vigtigt at bemærke, at en positiv markbalance kun angiver størrelsesordenen på den potentielle udvaskning, og dermed ikke direkte fortæller noget om den faktiske udvaskning. Fx vil en stigning i arealet med efterafgrøder ikke direkte kunne aflæses af markbalancen, da disse hverken tilføjer eller fjerner kvælstof fra marken, men fastholder kvælstoffet på marken, så det ikke udvaskes. I dansk landbrugsregulering findes flere tiltag, der netop har til formål at reducere den andel af kvælstofoverskuddet, der ellers risikerer at ende i vandmiljøet. 

Et større areal med efterafgrøder på landsplan forventes ikke med det samme at resultere i en tydelig reduktion af markbalancen, men det vil - ved godt afgrødedække - til gengæld reducere udvaskningen. I det efterfølgende år vil tilførslen af kvælstof kunne reduceres, da efterafgrøderne har fastholdt en større mængde kvælstof i markens jord og dermed indirekte nedbragt markbalancen.

Kollektive virkemidler (fx minivådområder), der iværksættes for at reducere kvælstofbelastningen til danske kystvande, vil ikke reducere markbalancen eller udvaskningen fra rodzonen.

Der er ikke et selvstændigt, kvantitativt mål for den modelberegnede udvaskning fra rodzonen direkte under dyrkningsfladen. Men aktiviteterne i Landovervågningen er helt afgørende for løbende at forbedre forståelsen af, hvad der bl.a. sker med kvælstoffet, efter at den tilføres markerne. Landovervågningen bruges også til at leve op til nogle konkrete overvågnings- og afrapporteringskrav jf. bestemmelserne i den danske undtagelse fra EU's Nitratdirektiv.

Desuden er viden om markbalancer relevant for følgende:

•         EU's vandrammedirektivs målsætning om en god økologisk tilstand
•         EU's NEC-direktivs målsætning om at reducere ammoniakfordampning
•         Nitratdirektivets krav om at nedbringe belastningen af vandmiljøet, herunder grund- og overfladevand med nitrat fra landbrugsrelaterede aktiviteter.

Overskuddet i markbalancen er faldet fra ca. 404.000 tons kvælstof i 1990 til ca. 215.000 tons kvælstof i 2021. Det svarer til en reduktion på ca. 47 %.

I årene 2016, 2017, 2019 og 2020 lå markbalancen mellem ca. 211.000 og ca. 248.000 tons kvælstof. I dette spænd medtages ikke år 2018, hvor landbruget var særligt påvirket af den omfattende tørke.

Vejrforholdene hen over året har stor betydning for udvaskningen af kvælstof. Derfor normaliserer man tallene for udvaskningen over tid, så det fx ikke i sig selv medfører en stigning, hvis et år er særligt regnfuldt. I perioden 1991-1992 til 2003-2004 har der været en reduktion på ca. 43 % i den klimanormaliserede udvaskning af kvælstof. Siden 2004 har den beregnede årlige udvaskning for landovervågningsoplandene ligget på et nogenlunde konstant niveau i omegnen af 50 kg kvælstof pr. hektar, med en vis variation fra år til år.