Sæler og marsvin er toprovdyr i havmiljøet. Udviklingen i størrelsen af bestanden kan sammen med andre faktorer fortælle om tilstanden af havets økosystem. Antallet kan blive påvirket af menneskeskabte påvirkninger som f.eks. overfiskeri, forurening og forstyrrelser. Dette kan fører til mangel på føde og ophobning af miljøgifte, som nedsætter reproduktionsevnen. Ændringer i bestanden kan også skyldes sygdomsudbrud, eller at bestandene i nogle områder har nået et mætningspunkt.

Bestandenes størrelse og udvikling anvendes internationalt som indikator for tilstanden i det marine økosystem. Størrelser af bestande for sæler og marsvin overvåges ved flytællinger og lyttestationer.

Østersølandene (HELCOM) har sammen udarbejdet tærskelværdier for god miljøtilstand for sæler under EU’s havstrategidirektiv. Tærskelværdierne er dels en fastlagt minimumsbestand (1o.ooo individer pr. bestandsområde) samt en vækstrate for sælbestandene.

Nordsølandene (OSPAR) har ligeledes fastsat tærskelværdier for god miljøstilstand for sæler under havstrategidirektivet. Tærskelværdierne består dels i en bestandsstørrelse, som skal være mindst på niveau med bestanden i 1992, dels en vurdering af vækstraten for bestanden over den seneste 6-årsperiode, som ikke må falde med mere end 1% pr år.

Tærskelværdier for god miljøtilstand under EU’s havstrategidirektiv for marsvin i både Østersøen og Nordsøen er under udarbejdelse.

EU’s medlemslande skal hver især som følge af habitatdirektivet vurdere, om bevaringsstatus er gunstig for sæler og marsvin. Her ser man på artens udbredelse, antal og ynglehyppighed i det nationale farvand.

Spættet sæl har generelt været i fremgang siden fredningen i 1977, hvor der kun var 2-3000 tilbage. Ved optællingen i 2020 var der ca. 14.000 i danske farvande. Arten rammes til tider af sygdomsudbrud, men er generelt kommet sig hurtigt. Lave vækstrater og fald i bestanden i de seneste år tyder på, at nogle af bestandene nærmer sig den naturlige grænse for, hvor mange sæler, der kan være i økosystemet (økologisk bæreevne).

Gråsælen har været i fremgang de seneste år, hvor bestanden i danske del af Østersøen kun var ca. 60 individer i 2009. Ved optællingen i 2020 var der ca. 1600 i danske farvande. Der er dog meget få, som yngler i dansk farvand. Gråsæler bevæger sig over store afstande, og sælerne ved i den danske del af Østersøen kan komme fra hele Østersøen. Udsving i bestandene skal derfor ses i sammenhæng med udviklingen i bestandene i resten af Østersøen.

På hvilepladserne i Vadehavet forekommer 200-400 gråsæler fra nordsøbestanden i fældeperioden i marts-april, og færre sæler på andre tider af året.

Der er tre bestande af marsvin i Danmark, og alle bestandene er ikke kun begrænset til danske farvande. Nordsøbestanden og bælthavsbestanden er stabile, mens østersøbestanden er lille og truet. Nordsøbestanden er i 2016 opgjort til 300.000-350.000, bælthavsbestanden til ca. 42.000 og østersøbestanden til ca. 500.