Mængden af alger (planteplankton) påvirkes blandt andet af udledninger af næringsstoffer fra industri, husholdning og landbrug. Jo flere alger der er, jo dårligere er søens sigtdybde. Opblomstring af alger og sigtdybden i søer hænger således sammen med koncentrationen af næringsstoffer i søerne.

Når man måler mængden af klorofyl i en sø, giver det et billede af, hvor mange alger, der er i søen. Klorofyl kan indikere, om den biologiske tilstand er god eller dårlig, og om indholdet af næringsstoffer er højt eller lavt.

Sigtdybden er et udtryk for, hvor klart eller gennemsigtigt vandet er. Sigtdybden viser, hvor langt lyset kan trænge ned i vandet og har betydning for, hvor dybt undervandsplanter vil kunne vokse. Sigtdybden i de dybe søer varierer fra 10-15 centimeter i forurenede søer til over 8 meter i helt rene søer.

Klorofyl og sigtdybde er "klassiske" og internationalt anerkendte indikatorer for søernes tilstand. Klorofylkoncentrationen indgår som en indikator for søernes tilstand i de vandområdeplaner, som beskriver gennemførelsen af EU's vandrammedirektiv i Danmark.

Figur 1 og 2 viser udviklingen for klorofyl og sigtdybde i 15 danske søer, der har været undersøgt siden 1989.  

Ifølge EU’s vandrammedirektiv skal alle søer opnå en god tilstand senest i 2027. Det dækker både god økologisk tilstand og god kemisk tilstand. Den økologiske tilstand bestemmes på baggrund af alger (plankton), vandplanter, bunddyr og fisk.

Vandområdeplanerne (2015-2021) dækker 857 søer. Næringsstoffer, særligt fosfor, er den største belastning for søerne i Danmark, da de påvirker mængden af planteplankton (klorofyl) og sigtdybden.

Koncentrationen af klorofyl på tværs af danske søer har varieret en del fra år til år uden nogen klar udviklingstendens de seneste 12 år. Denne tendens afspejles også i medianværdien for de 15 søer i perioden. I 1990’erne skete der en reduktion i klorofylindholdet i søerne, særligt i de søer, der har haft de højeste klorofylkoncentrationer som følge af blandt andet en forbedret spildevandsrensning.  

Spildevandsindsatsen har reduceret tilførslen af fosfor til mange søer betydeligt, men forbedringerne i søerne er begrænset af, at der stadig sker en betydelig tilførsel af fosfor fra dyrkede arealer, med spildevand fra spredt bebyggelse og fra regnbetingede udledninger fra byerne. Ligeledes sker der i nogle tidligere hårdt belastede søer fortsat en frigivelse af fosfor fra bunden. Dertil kan ferskvandsdambrug medføre en betydelig næringsstofbelastning af vandet.

En yderligere påvirkning af vandmiljøet i søer er tilstedeværelsen af vandremusling - en invasiv art. Vandremuslingens evne til at danne masseforekomster anses som en trussel for de naturlige plante- og dyresamfund i søerne og dermed også for den økologiske tilstand i vandmiljøet. Men vandremuslingen evner også at filtrere og rense vandet, hvilket kan have positive effekter på for eksempel sigtdybden.  

Som figur 1 og 2 viser, følger vandets klarhed generelt udviklingen i klorofylkoncentrationen med tendens til større sigtdybde i perioder med faldende klorofylkoncentrationer og omvendt mindre sigtdybde, når klorofylkoncentrationen har været stigende (figur 2).