Koncentrationen af klorofyl på tværs af søer har varieret en del fra år til år uden nogen klar udviklingstendens for perioden. Dog var der et konstant fald fra 1990 til 1996 fra 51 μg/l til 15 μg/l, hvorefter der ses en stigende tendens indtil 2007 (49 μg/l) - dog med relativt lave værdier i 2003 og 2004 (Figur 1).
De største reduktioner i klorofylkoncentrationen er generelt sket i de søer, der har haft de højeste klorofylkoncentrationer. Indholdet af klorofyl er faldet betydeligt i seks af de 15 søer (som sommergennemsnit for perioden 1989 – 2018), mens det er øget betydeligt i to søer. De største ændringer ses først i perioden, mens indholdet af klorofyl a kun har ændret sig lidt i de seneste 10 år.
Spildevandsindsatsen har reduceret tilførslen af fosfor til mange søer betydeligt, men forbedringerne i søerne er begrænset af, at der stadig sker en betydelig tilførsel af fosfor fra dyrkede arealer, med spildevand fra spredt bebyggelse og fra regnbetingede udledninger fra byerne. Ligeledes sker der i nogle tidligere hårdt belastede søer, fortsat en frigivelse af fosfor fra bunden. Dertil kan ferskvandsdambrug medføre en betydelig næringsstofbelastning af vandet.
En yderligere påvirkning af vandmiljøet i søer er tilstedeværelsen af vandremusling - en invasiv art. Dens evne til at danne masseforekomster, anses som en trussel for de naturlige plante- og dyresamfund i søen og dermed også for den økologisk tilstand i vandmiljøet. Men vandremuslingen evner også at filtrere og rense vandet, hvilket kan have positive effekter på for eksempel sigtdybde.
Som Figur 1 og 2 viser, følger vandets klarhed generelt udviklingen i klorofylkoncentrationen med tendens til større sigtdybde i perioder med faldende klorofylkoncentrationer og omvendt mindre sigtdybde, når klorofylkoncentrationen har været stigende (Figur 2).