Mængden af alger (planteplankton) påvirkes blandt andet af udledninger af næringsstoffer fra industri, husholdning og landbrug. Jo flere alger der er, jo dårligere er søens sigtdybde. Opblomstring af alger og sigtdybden i søer hænger således sammen med koncentrationen af næringsstoffer i søerne.
Når man måler mængden af klorofyl i en sø, giver det et billede af, hvor mange alger, der er i søen. Klorofyl kan indikere, om den biologiske tilstand er god eller dårlig, og om indholdet af næringsstoffer er højt eller lavt.
Sigtdybden er et udtryk for, hvor klart eller gennemsigtigt vandet er. Sigtdybden viser, hvor langt lyset kan trænge ned i vandet og har betydning for, hvor dybt undervandsplanter vil kunne vokse. Sigtdybden i de dybe søer varierer fra 10-15 centimeter i forurenede søer til over 8 meter i helt rene søer.
Klorofyl og sigtdybde er "klassiske" og internationalt anerkendte indikatorer for søernes tilstand. Klorofylkoncentrationen indgår som en indikator for søernes tilstand i de vandområdeplaner, som beskriver gennemførelsen af EU's vandrammedirektiv i Danmark.
Figur 1 og 2 viser udviklingen for klorofyl og sigtdybde i 15 danske søer, der har været undersøgt siden 1989.