Mængden af alger (planteplankton) påvirkes blandt andet af udledninger af næringsstoffer fra industrier, husholdning og landbrug. Jo flere alger, der er, jo dårligere er søens sigtdybde. Opblomstring af alger og sigtdybden i søer hænger således sammen med koncentrationen af næringsstoffer i søerne.

Når biologerne måler klorofyl mængden i en sø, får man et mål for hvor mange alger der er. Klorofyl kan indikere både om den biologiske tilstand er god eller dårlig, og om indholdet af næringsstoffer er højt eller lavt.

Sigtdybden er et udtryk for, hvor klart eller gennemsigtigt vandet er. Sigtdybden viser, hvor langt lyset kan trænge ned i vandet og har betydning for, hvor dybt undervandsplanter vil kunne vokse. Sigtdybden i de dybe søer varierer fra 10-15 cm i forurenede søer til over 8 m i helt rene søer.

Klorofyl og sigtdybde er "klassiske" og internationalt anerkendte indikatorer for søernes tilstand. Klorofylkoncentrationen indgår som en indikator for søernes tilstand i de vandområdeplaner, som er en del af indførselen af EU's vandrammedirektiv i Danmark.

På figur 1 og 2 kan du se udviklingen for klorofyl og sigtdybde i 15 danske søer, der har været undersøgt siden 1989  

Ifølge EU’s vandrammedirektiv skal alle søer opnå en god tilstand senest i 2027. Det dækker både god økologisk tilstand og god kemisk tilstand. Den økologiske tilstand bestemmes på baggrund af alger (plankton), vandplanter, bunddyr og fisk.

Vandområdeplanerne (2015-2021) dækker 857 søer. Næringsstoffer, særligt fosfor, er den største belastning for søerne i Danmark, da de påvirker mængden af planteplankton (klorofyl) og sigtdybden.

Koncentrationen af klorofyl på tværs af søer har varieret en del fra år til år, uden nogen klar udviklingstendens for perioden. Dog var der et konstant fald fra 1990 til 1996 fra 51 μg/l til 15 μg/l, hvorefter der ses en stigende tendens indtil 2007 (49 μg/l) - dog med relativt lave værdier i 2003 og 2004 (figur 1).

De største reduktioner i klorofylkoncentrationen er generelt sket i de søer, der har haft de højeste klorofylkoncentrationer. Indholdet af klorofyl er faldet betydeligt i seks af de 15 søer (som sommergennemsnit for perioden 1989 – 2016), mens det er øget betydeligt i tre søer. De største ændringer ses først i perioden, mens indholdet af klorofyl a kun har ændret sig lidt i de seneste 10 år. Spildevandsindsatsen har reduceret tilførslen af fosfor til mange søer betydeligt, men forbedringerne i søerne er begrænset af, at der stadig sker en betydelig tilførsel af fosfor fra dyrkede arealer, med spildevand fra spredt bebyggelse og fra regnbetingede udledninger fra byerne. Desuden sker der i nogle tidligere hårdt belastede søer fortsat en frigivelse af fosfor fra bunden.  

Som figur 1 og 2 viser følger vandets klarhed generelt udviklingen i klorofylkoncentrationen med tendens til større sigtdybde i perioder med faldende klorofylkoncentrationer og omvendt mindre sigtdybde, når klorofylkoncentrationen har været stigende (figur 2).